Historien de l’Afrique, François-Xavier est l’auteur de plus d’une centaine d’articles scientifiques et d’une quinzaine d’ouvrages, notamment Histoire de l’Afrique du Sud (Le Seuil, 2006 ; « points Seuil » 2013), Le Rhinocéros d’or : histoires du Moyen Âge africain (Alma, 2013, Grand Prix du livre d’histoire ; « folio », 2014) ou encore Nelson Mandela : trois discours commentés (Alma, 2015). Son dernier livre est A la recherche du sauvage idéal (Le Seuil, 2017).Il a dirigé, de 2006 à 2009, le Centre français d’études éthiopiennes (CFEE) à Addis Abeba et a conduit en Ethiopie de nombreuses missions archéologiques, en particulier sur les vestiges médiévaux des sociétés musulmanes et sur les sociétés païennes.
Avec Bertrand Hirsch, il a dirigé Espaces musulmans de la Corne de l’Afrique au Moyen Âge : Etudes d’archéologie et d’histoire
(Paris, De Boccard-CFEE, 2011) et, avec Bertrand Poissonnier, la monographie La Culture Shay d’Ethiopie. Archéologie et histoire d’une élite païenne (Paris, De Boccard-CFEE, 2012).
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